當多組分的混合樣品進入色譜柱后，由于吸附劑對每個組分的吸附力不同，經過一定時間后，各組分在色譜柱中的運行速度也就不同。吸附力弱的組分容易被解吸下來，離開色譜柱進入檢測器，而吸附力的組分不容易被解吸下來，因此離開色譜柱。

 

　　如此，各組分得以在色譜柱中彼此分離，順序進入檢測器中被檢測、記錄下來。

 

　　氣相色譜質譜聯用儀的特性：

　　一般應用可省略色譜檢測器：作為進樣系統，將待測樣品分離后直接導入質譜進行檢測，既滿足了質譜分析對樣品單一性的要求，又省去樣品制備、轉移的繁瑣過程，不僅避免了樣品受污染，對質譜進樣量還能有效控制，也減少了質譜儀的污染，極大地提高了對混合物分離、定性定量效率。

 

　　定性能力高：用色譜保留時間結合化合物的指紋質譜圖鑒定組分，大大優于僅靠色譜保留時間。定性指標有分子離子、功能團離子、離子峰強度比、同位素離子峰、離子反應的母子離子質量數以及總離子流色譜峰、選擇離子色譜峰和選擇反應色譜峰所對應的保留時間窗。

 

　　可分離尚未分離的色譜峰：用提取離子、選擇離子監測或選擇反應監測法，以及結合某些數據處理方法，可分離總離子流色譜圖上尚未分離或被化學噪聲掩蓋的色譜峰。

 

　　可提高定量分析精度：通過用同位素稀釋和內標技術可提高定量精度和定性能力。

 

　　提高儀器功能，實現分析自動化：計算機的多功能使儀器的結構更簡單，操作更方便，更易于實現分析工作的自動化。

 

　　氣相色譜質譜聯用儀定性分析很方便，可通過自帶數據庫的相似度檢索快速定性分析，還有多種采集模式，靈敏度高，能夠定量準確。